交通运输局设下列内设机构:
（一）办公室
负责机关日常运转，承担信息、机要、保密、档案、信访、政务公开、综合治理等工作；负责局重要文件、文稿的起草；负责机关内保、文明卫生和后勤保障等工作；负责交通运输信息宣传相关工作；负责人大代表建议、政协委员提案及议案的办理；负责便民服务中心等咨询、投诉、举报事项的协调与处理工作；负责舆情应急处置工作；牵头组织局机关及所属事业单位绩效管理工作；负责全局性工作的督促检查；完成上级交办的其他工作。
（二）综合计划股
组织拟订综合交通运输体系规划和公路、航道、港口、民用航空（低空）等交通运输行业的发展规划和实施计划；参与拟订高速公路、普通国省干线公路、干线航道、港口、枢纽、机场等规划；拟订普通国省干线公路、干线航道、港口、枢纽、机场建设的固定资产投资计划和年度计划，组织编制农村公路、地方铁路、基础设施维护、行业管理年度投资计划；承担公路、铁路、水路建设前期工作协调和管理；承担全市民用航空相关行业管理与服务工作；牵头负责交通运输行业统计分析、预测、信息发布工作；承担交通运输利用外资和对外交流合作；负责交通运输行业运行状态、重大课题、发展环境、发展方向、发展战略等研究工作；参与拟订地方铁路、轨道交通、交通物流规划；完成上级交办的其他工作。
（三）建设管理股（公路管理股）
拟订交通工程建设质量发展目标并组织实施；负责交通建设市场监管，监督管理交通运输行业和产业项目招投标工作；承担公路、水路建设和维护的行业管理工作，负责交通建设工程建设实施阶段程序管理；监督检查年度建设计划的落实，组织和落实交通建设工程质量、进度、设计、施工、监理、定额造价、试验检测、咨询的监督管理；负责交通建设市场主体的资质资格管理；承担交通运输建设市场主体的履约考核和信用管理；承担交通工程的质量与标准等管理工作；落实并监督交通运输行业节能减排工作；组织对优质工程进行质量审查；依法处理交通建设过程中的利益关系人的投诉；负责地方铁路建设管理相关工作；负责协调我市铁路项目的征地拆迁、建设保障、建设统计、档案管理等工作；组织协调铁路两侧水土保持工作和建筑设施监督管理；负责全市公路行业管理工作；承担交通建设、公路管理等行政许可相关工作，并限时办结；完成上级交办的其他工作。
（四）港航管理股
负责港口、航道发展和监管工作；负责港口、航道行业发展战略的拟订和行业政策的监督实施；监督检查港口、航道年度建设养护计划的落实；负责港口与航道岸线利用、绿色发展、行业统计、信用管理、经济信息发布工作；促进国内外港口间的经济合作与对外交流并参与重大涉外活动；承担港口与航道、船舶检验、水上交通安全等行政许可相关工作，并限时办结；承担指导实施全市交通领域污染防治管理工作；完成上级交办的其他工作。
（五）综合运输股
负责道路、水路运输发展和监督管理;负责运输场站（枢纽）的规划和建设管理;负责道路、水路运输、城市客运规划的拟订和监督实施;承担机动车维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训管理工作;承担公共汽车、轨道交通运营、出租汽车等客运管理工作;协调综合运输服务工作,承担运输行业的信用管理工作;组织和监督实施重点物资、紧急物资、节假日运输等交通运输保障工作;负责运输行业行政裁决工作;承担运输行业行政许可相关工作,并限时办结。
（六）航空管理股（数据管理股）
承担与上级军民航、空域管理部门的沟通协调工作，建立军地民三方协调机制；承担全市民用航空地方职责的管理与服务工作，负责航空发展奖补资金的对上申报与管理，协同空中交通管理机构，对市低空飞行服务机构开展业务指导；制定建设年度计划，统筹推进低空飞行基础设施建设；组织拟订全市交通运输行业科技与信息化发展规划和实施计划；统筹交通运输行业信息化项目建设、管理及运维工作；统筹交通运输行业政务数据资源管理和维护工作；负责交通运输行业数字政府建设相关标准规范和安全保障体系建立及实施；完成上级交办的其他工作。
（七）安全管理股（国防交通股）
统筹协调本部门、行业安全生产监管工作，健全落实安全管理制度;组织拟订并监督实施公路、水路、铁路道口、城市公共交通安全生产工作目标和应急预案;负责交通运输行业安全生产综合监督管理，实施有关安全生产和应急处置体系建设:监督局属单位安全监管工作:依法组织或参与有关事故调查处理工作，监督事故查处的落实情况;督促交通运输行业单位落实消防安全主体责任和有关消防工作制度:承担交通运输应急处置、突发公共事件处置工作:承担全市国防交通的牵头组织实施等工作:组织拟订国防交通规划;衔接军方需求，组织落实国防交通动员有关任务;承担国防交通建设管理和运输方面的组织实施工作；完成上级交办的其他工作。
（八）政策法规和行政审批股
负责交通运输行业政策研究和法治工作，推进交通运输行业体制改革、“放管服”改革工作；负责局规范性文件的审查备案工作;根据法律法规、国家和省市有关文件以及江苏省部门行政权力清单，牵头负责本部门行政审批事项的有关工作;负责交通运输法规宣传和普法教育培训工作;承担交通运输行政执法监督工作;推进本系统下放行政审批事项事中事后监管工作,协调做好本部门进驻市政务服务中心审批事项的办理工作;承担交通运输行政复议和行政诉讼应诉工作。牵头组织交通运输行业信用管理工作。
（九）财务审计股
负责交通运输系统财务、会计工作;承担交通运输资金的申请、拨付、监管及会计核算工作;负责局属单位资金运作和预算管理，审核编报局和局属单位预算决算，负责局预算执行管理和局属单位财务管理并完善内部控制机制;负责交通运输行业的规费征收管理工作;负责局机关并指导局属单位拟订内部财务管理、会计核算和预算管理办法;承担局属单位国有资产的监管职责。负责交通运输系统审计工作;承担对局机关和局属单位财务收支、经济活动进行审计的职责;组织局机关并指导局属单位开展内部审计工作、内管干部经济责任审计工作;组织对局机关和局属单位实施的工程项目开展内部审计工作;配合协调省市各级开展的审计工作;承办法律、法规和局要求办理的其他审计事项。
（十）组织人事股
负责交通运输系统基层组织建设;负责局管干部队伍和领导班子建设的有关工作，指导所属单位干部队伍建设;拟订人才队伍发展教育培训计划;负责人才教育培训和专业技术人员继续教育;负责局机关机构编制、干部人事、劳动工资、技术职称、社会保障等管理工作，指导局所属单位做好相关工作;负责局机关和局属单位出国（境）报批和政审工作;负责干部档案管理工作。负责局机关离退休干部工作;指导所属单位的离退休干部工作。
另设机关党委，与组织人事股合署办公。负责机关及所属单位党的建设和纪检工作，领导机关群团组织工作；指导全市交通运输行业党建工作，指导推动全市交通运输领域新业态、新就业群体及行业社会组织党的建设工作；承担机关及所属单位纪检、党风廉政建设有关工作；负责局党组意识形态主体责任和理论学习中心组具体工作；指导交通运输行业精神文明建设和文化建设工作。
