一）企业所得税
1．中央直属科研机构以及省、地（市）所属的科研机构转制后，自1999年至2003年5年内，免征企业所得税。本条所指科研机构不包括：已经转制和已并入企业的科研机构，以及所有从事社会科学研究的科研机构。
——摘自财税〔1999〕273号
2．对国家经贸委管理的10个国家局所属242个科研机构转制的科研机构，凡符合企业所得税纳税人条件的，从1999年起至2003年底止，5年内免征企业所得税。
——摘自国税发〔1999〕135号
3．非营利性科研机构从事技术开发、技术转让业务和与之相关的技术咨询、技术服务所得的收入，按有关规定免征企业所得税。
非营利性科研机构从事与其科研业务无关的其他服务所取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、对外投资收入等，应按规定征收各项税收；非营利性科研机构从事上述非主营业务收入用于改善研究开发条件的投资部分，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。
——摘自财税〔2001〕5号
4．关于科研机构转制的补充规定：
(1)国科发政字〔2000〕300号文件所列134家转制科研机构，从2001年起至2005年底止，5年内免征企业所得税。
(2)科研机构联合其他企业组建有限责任公司或股份有限公司，科研机构在转制企业中的股权比例达到50％的，按政策规定期限免征企业所得税。
(3)科研机构与工程勘察设计单位联合其他企业组建有限责任公司或股份有限公司，其中科研机构在转制企业中的股权比例达到50％的，按本通知第二条规定免征所得税；工程勘察设计单位在转制企业中的股权比例达到50％或者科研机构与工程勘察设计单位在新组建企业中股权均达不到50％，但两者股权合计达到50％的，按工程勘察设计单位转制政策减半征收所得税。
(4)科研机构在转制企业中无形资产的价值所占  股权比例低于20％的，据实计算控股比例；无形资产  股权比例超过20％的，其超过部分不作为计算减免税  的股权。
(5)鉴于转制科研机构优惠政策的起讫时间不  同，国税发〔1999〕135号附件所列242家科研机构以  及其他科研机构优惠政策到期以后，应重新计算减免  税政策未到期的转制科研机构及工程勘察设计单位在  转制企业中的股权比例，并按本通知第三条规定的精  神确定是否享受减免所得税政策。
——摘自国税发〔2002〕36号
（二）印花税
国防科工委管辖的军工企业和科研单位，与军队、武警部队、公安、国家安全部门，为研制和供应军火武器(包括指挥、侦察、通讯装备，下同)所签订的合同免征印花税。
国防科工委管辖的军工系统内各单位之间，为研制军火武器所签订的合同免征印花税。
——摘自国税〔1990〕200号
（三）城镇土地使用税
1．非营利性科研机构自用的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税。
——摘自财税〔2001〕5号
2．中央直属科研机构以及省、地(市)所属的科研机构转制后，自1999年至2003年5年内，免征企业所得税和科研开发自用土地的城镇土地使用税。
本条所指科研机构不包括：已经转制和已并入企业的科研机构，以及所有从事社会科学研究的科研机构。
——摘自财税〔1999〕273号